根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》(国税函〔2007〕1240号)的规定：纳税人善意取得虚开的增值税专用发票被依法追缴已抵扣税款的，不属于税收征收管理法第三十二条“纳税人未按照规定期限缴纳税款”的情形，不适用该条“税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金”的规定。

 　　所以，公司善意取得虚开的增值税专用发票被税务机关依法追缴税款时不会被同时处罚滞纳金。

　　以下内容参考阅读

　　政策链接

　　《国税函[2007]1240号  纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》

　　《国税发[2000]187号   关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》

　　2、怎样判断是属于善意取得虚开的增值税专用发票？

　　善意取得虚开的增值税专用发票有几个重要的判断标准：

　　1、业务的真实交易，购货方与销售方存在真实的交易；

　　2、销售方使用的是其所在省(自治区、直辖市和计划单列市)的专用发票；

　　3、专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符；

　　4、没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的。

 　　同时符合上述4个条件的可以判断为善意取得虚开的增值税发票。

　　以下内容参考阅读

　　政策链接

　　《国税发[2000]187号   关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》

　　3、善意取得虚开的增值税专用发票被税务机关依法追缴税款后，对应的购进货物成本是否可以在计算企业所得税时扣除？

　　在计算企业所得税时，允许企业所得税税前扣除的凭证应当遵循真实性、合法性、关联性原则。

　　真实性是基础，若企业的经济业务及支出不具备真实性，自然就不涉及税前扣除的问题。

　　合法性和关联性是核心，只有当税前扣除凭证的形式、来源符合法律、法规等相关规定，并与支出相关联且有证明力时，才能作为企业支出在税前扣除的证明资料。

　　所以，根据《国家税务总局关于发布<企业所得税税前扣除凭证管理办法>的公告》（国家税务总局公告2018年第28号）第十三条和第十四条的规定：

　　企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证的，若支出真实且已实际发生，应当在当年度汇算清缴期结束前，要求对方补开、换开发票、其他外部凭证。补开、换开后的发票、其他外部凭证符合规定的，可以作为税前扣除凭证。

　　企业在补开、换开发票、其他外部凭证过程中，因对方注销、撤销、依法被吊销营业执照、被税务机关认定为非正常户等特殊原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的，可凭以下资料证实支出真实性后，其支出允许税前扣除（以下di一项至第三项为必备资料）：

　　（一）无法补开、换开发票、其他外部凭证原因的证明资料（包括工商注销、机构撤销、列入非正常经营户、破产公告等证明资料）；

　　（二）相关业务活动的合同或者协议；

　　（三）采用非现金方式支付的付款凭证；

　　（四）货物运输的证明资料；

　　（五）货物入库、出库内部凭证；

　　（六）企业会计核算记录以及其他资料。

（财务部   金雨生转）