根据《国家税务总局关于个人所得税有关政策问题的通知》（国税发〔1999〕58号）第二条规定，“关于个人取得公务交通、通讯补贴收入征税问题 个人因公务用车和通讯制度改革而取得的公务用车、通讯补贴收入，扣除一定标准的公务费用后，按照“工资、薪金”所得项目计征个人所得税。

　　按月发放的，并入当月“工资、薪金”所得计征个人所得税；

　　不按月发放的，按实际发放月份并与该月份“工资、薪金”所得合并后计征个人所得税。

　　公务费用的扣除标准，由省税务局根据纳税人公务交通、通讯费用的实际发生情况调查测算，报经省级人民政府批准后确定，并报国家税务总局备案。”。

　　 综上所述,公司应查询公司所在省市的扣除标准，将交通补贴减去扣除标准后的余额并入工资薪金计算缴纳个人所得税。

　　以下内容参考阅读

　　政策链接

·      《中华人民共和国个人所得税法》

·      《国税发[1999]58号 关于个人所得税有关政策问题的通知》

(财务部  金雨生转)